13 марта 2014 года около 16.00 мск, следуя на выход из порта Саект-Петербург под проводкой лоцмана Росморпорта Кирилла Богомолова, рефрижератор «Академик Вавилов», флаг Белиз, сел на мель.Гидрометеообстановка в районе на момент аварии: видимость полная дневная, ветер северо-восточный 5-8 м/сек, море – мелкобитый лёд толщиной 40-50 см и сплоченностью 9-10 баллов. Посадка на мель произошла между парами буёв №№ 33-34 и №№35-36 Санкт-Петербургского морского канала, в районе его пересечения с подходным каналом к гавани Стрельна. К аварийному судну подошли портовые буксиры «Тайфун» и «Торнадо», и через 5 часов рефрижератор был снят с мели.

Предположительно, у "Академика Вавилова" заклинило руль, и он налетел на бровку Морского канала.